Los Ministros responsables de la enseñanza superior han encomendado la gestión del proceso entre las conferencias ministeriales al Grupo de Seguimiento del Proceso de Bolonia (BFUG, Bologna Follow-up Group). El BFUG elabora tras cada conferencia ministerial un "Programa de trabajo" integrado por varios seminarios, talleres y otras actividades relacionadas con el Proceso. El BFUG se reúne por lo menos dos veces al año y está presidido por el país que ejerce la Presidencia de la Unión Europea en ese momento. Desde el otoño de 2009, sus competencias se dividen entre el país que ejerce la Presidencia de la UE y un país no perteneciente a la UE. El BFUG está compuesto por representantes de los Ministerios de los 46 países integrantes de Bolonia, la Comisión Europea y las siguientes organizaciones europeas en calidad de miembros consultivos: la Estructura Paneuropea de la Internacional de la Educación, el Consejo de Europa (www.coe.int), la Unión Europea de Estudiantes (ESU, por sus siglas en inglés) (www.esu-online.org), la Asociación Europea de Universidades (EUA)(www.eua.be), la Asociación Europea de Instituciones de Educación Superior (EURASHE) (www.eurashe.eu), UNESCO-CEPES (www.cepes.ro), la Asociación Europea de Garantía de la Calidad en la Educación Superior (ENQA) (www.enqa.eu) y Business Europe (www.businesseurope.eu). Los progresos en la aplicación del proceso de Bolonia están recogidos en el denominado Stocktaking Report (Informe de evaluación), pero EUA y ESU también elaboran cada una su propio informe Trends (Tendencias) y Bologna with Student Eyes (Bolonia desde la perspectiva del estudiante).